Mission Bay est une zone de plongée depuis le rivage protégée de San Diego, principalement utilisée pour les formations, les remises à niveau et les plans de secours lorsque la houle du large rend la côte moins praticable. L'eau est généralement suffisamment calme pour des entrées faciles et un travail technique contrôlé, mais le site n'est pas choisi pour ses paysages, sa longue visibilité ou son relief spectaculaire. Les plongeurs passent généralement leur temps autour des rochers de la jetée, du sable et des fonds de la baie à la recherche de raies, de crabes, de poulpes, de bars et d'autres espèces locales robustes qui tolèrent les conditions plus troubles.