Yakushima est une destination de plongée en bateau au large de Kagoshima, où de courts trajets depuis le port de pêche d'Isso permettent d'accéder à un mélange de sites récifaux, de tortues et de sites topographiques. L'île est réputée pour ses eaux claires, ses récifs coralliens et les rencontres régulières avec les tortues vertes et les raies manta, tandis que le plan de plongée quotidien varie en fonction de la météo et de l'expérience des plongeurs. Elle convient aux plongeurs certifiés et aux personnes qui pratiquent le snorkeling qui recherchent des conditions flexibles plutôt qu'une seule plongée emblématique.