Ishigaki e Iriomote son bases vecinas de Yaeyama, pero operativamente distintas. Ishigaki ofrece buceo establecido en arrecifes y con mantas, snorkel guiado e instrucción documentada de apnea PADI/AIDA. Iriomote cuenta con operadores independientes de buceo desde barco para buceadores certificados y de snorkel en Barasu/Hatoma, además de experiencias en manglares protegidos y cascadas. Desde el puerto de Ishigaki salen ferris hacia distintas costas de Iriomote; la ruta a Uehara es más vulnerable a los vientos del norte. Los avistamientos de mantas nunca están garantizados; Ogan es para buceadores experimentados de inmersión a la deriva que hayan sido evaluados, y algunos sitios del interior de Iriomote requieren la aprobación previa del municipio. Elige salidas locales de un día en barco en vez de dar por hecho que hay cruceros de buceo disponibles, y deja un margen para los cambios en el estado del mar.