Isle Royale est une destination de plongée particulièrement spécialisée dans les Grands Lacs : des cargos en acier intacts, des épaves plus anciennes en bois et des sections d’épaves profondes se trouvent dans les eaux froides et changeantes du lac Supérieur. Le National Park Service dénombre dix grandes épaves protégées et exige un permis individuel de plongée bouteille. L’île ne compte aucun centre de plongée ni station publique de gonflage des bouteilles, et l’évacuation médicale depuis cette région isolée peut être retardée. L’affréteur de plongée répertorié par le NPS propose des séjours de plusieurs nuits à bord d’un bateau, consacrés aux épaves, au départ de Grand Portage ; son calendrier en ligne ne permet pas de vérifier les dates de départ actuelles. Les personnes qui ne plongent pas peuvent prévoir des randonnées à Rock Harbor ou Windigo, du kayak ou des excursions touristiques saisonnières dans le cadre d’un itinéraire distinct axé sur les activités terrestres. Aucun programme commercial local de snorkeling ou d’apnée n’a pu être vérifié. Juillet et août offrent généralement une fenêtre météo plus favorable, sans pour autant garantir la sécurité. L’accès aux visiteurs du parc est fermé de novembre 1 à avril 15.