Mykonos n'est pas une destination de croisière plongée isolée. C'est une destination où les opérateurs locaux, les sorties à la journée et les plages servent de base, et où les plongeurs mêlent récifs égéens, épaves, rochers parsemés d'amphores, habitats du phoque moine et culture de Délos en un seul voyage sur une île compacte. Les plongeurs certifiés ciblent l'ANNA II, le récif de Lia, le récif de Kalafakiona, le tombant d'Agia Anna et les cavernes de Tragonisi. Les personnes qui pratiquent le snorkeling utilisent les plages abritées du sud et de l'est comme Lia, Paradise, Kalafatis et les sorties en bateau vers Rineia. Les apnéistes peuvent s'entraîner localement, mais Mykonos est davantage axée sur l'apnée récréative encadrée que sur la compétition en grande profondeur. La variable de planification est le vent. Mai-juin et septembre-octobre offrent généralement le meilleur équilibre entre temps chaud, état de la mer gérable, horaires des opérateurs et moins de foule, tandis que juillet-août apportent une eau chaude, des prix élevés et des changements de sites dus au Meltemi.